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icc hofmann - Ingenieurbüro für technische Informatik Am Stockborn 16, 60439 Frankfurt/M, FRG Tel.: +49 6082-910101 Fax.: +49 6082-910200 E-Mail: info@icc-hofmann.net |
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73000000 - Forschungs- und Entwicklungsdienste und zugehörige Beratung
73110000 - Forschungsdienste
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Durchführung einer Genotypisierung vom Europäischen Aal und Auswertung zur Untersuchung genetisch verschiedener Ökotypen Vergabestelle: Landesforschungsanstalt für Landwirtschaft und Fischerei MV, Institut für Fischerei l.kullmann@lfa.mvnet.de Kurzinfo Leistungen und Erzeugnisse Forschung und Entwicklung Ausschreibungsweite Nationale Ausschreibung Vergabeverfahren Unterschwellenvergabeordnung (UVgO) Vergabeart Verhandlungsvergabe Angebotsfrist 29.01.2020 Erfüllungsort 18069 Rostock Mecklenburg-Vorpommern Fischerweg 408, 18069 Rostock, Deutschland Kontakt l.kullmann@lfa.mvnet.de Hinweis: service.bund.de ist nur die Veröffentlichungsplattform für Ausschreibungen, die Verantwortung für Inhalt und Richtigkeit der einzelnen Angebote (und somit auch für die Dauer der Veröffentlichung, die vorzeitige Beendigung derselben, für die Angabe von Veröffentlichungsdaten und Angebotsfristen) obliegt ausschließlich der jeweils ausschreibenden Organisation. Verwenden Sie daher bitte ausschließlich die Kontaktdaten der ausschreibenden Institution aus der Bekanntmachung, wenn Sie: eine inhaltliche Frage oder Anmerkung zu einer Ausschreibung haben oder die Vergabeunterlagen der Bekanntmachung abrufen möchten Leistungsbeschreibung: Übersicht der zu erbringenden Leistungen 1. DNA-Extraktion (die Proben liegen als in Ethanol fixierte Muskel- bzw. Flossenproben vor und werden vom Auftraggeber zur Verfügung gestellt). 2. Design, Synthese und Optimierungeines Multiplex-Primerpanels (vorzugsweise Ion AmpliSeq (Termo Fisher Scientifc, Sato et al. 2019) auf Basis der bereits beschriebenen Genom-weiten Single Nucleotid Polymorphismen (SNPs) des Europäischen Aals (Pujolar et al. 2013). Abgleich mit ökotypspezifischen SNPs des Amerikanischen Aals (Pavey et al. 2015), so dass diese im Multiplex-Primerpanel vertreten sind, in Abstimmung (peer-review) mit dem Auftraggeber. Genom-weite Auswahl vonca. 3000 SNPs einschließlich der ca. 300 ökotypspezifischen SNPs des Amerikanischen Aals, auf der Basis der veröffentlichten Genome des Europäischen Aals (WGS: NCBI Accession Nr. AZBK01000000,ZF-screens B.V., Netherlands, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10841;Nanopore: http://www.eelgenome.com, Jansen et al. 2017)in Abstimmung (peerreview) mit dem Auftraggeber. 3. Präparation der Genombibliothek und Genotypisierung durch Sequenzierung (z. B. Illuminashortreads) von 300 - 600 Proben des Europäischen Aals mit dem entwickelten Multiplex-Primerpanel. 4. Detektion der SNPs bzw. der Varianten und Insertionen/Deletionen (weniger als 10 Basenpaare), minimale Abdeckung (coverage): 10 reads pro Locus/Individuum. 5. Datenübergabe: Spezifikationen des Multiplex-Primerpanels (Sequenzen der Primerpaare). Individuelle Sequenzdaten, Dokumentation der Qualitätsparameter bzw. der Analysen zur Qualitätskontrolle. Individuelle Genotypen (SNP/Allele), Dokumentation der einzelnen Detektionsschritte. Alle Daten und Ergebnisse sind Eigentum der Landesforschungsanstalt für Landwirtschaft und Fischerei Mecklenburg-Vorpommern. Die Arbeiten müssen nach dem Grundsatz guter wissenschaftlicher Praxis erfolgen, dass schließt die Dokumentation der einzelnen Arbeitsschritte ein, in einer Form, die eine Veröffentlichung der Daten und Ergebnisse in einer internationalen Fachzeitschrift (peerreview) ermöglichen. Das beauftragte Labor hat die Möglichkeit, sich an der wissenschaftlichen Publikation in Form einer Koautorenschaft zu beteiligen. 6. Um eine Vergleichbarkeit der Angebote zu ermöglichen, bitten wir um eine Preisangabe pro zu untersuchender Probe. 7. Zeitraum der Probenbearbeitung/Rechnungslegung. Die Analysen, Datenübergabe und Rechnungslegung sollen bis spätestens zum 31.07.2020 abgeschlossen sein. Source: 4 https://www.bund.de/IMPORTE/Ausschreibungen/editor/Landesforschungsanstalt-fuer-Landwirtschaft-und-Fischerei-Mecklenburg-Vorpomm ern/2020/01/3248094.html Data Acquisition via: p8000000 |
